Non si tratta di una semplice gara di forza: è una guerra vera e propria in cui alleanze, faide, strategie e colpi di scena si susseguono continuamente. Shirou Emiya, studente delle superiori che conduce una vita apparentemente normale, dopo aver assistito involontariamente allo scontro tra due individui dai poteri sovrannaturali, si troverà suo malgrado coinvolto nella battaglia, rischiando di morire, ma verrà salvato da Saber, un Servant dalle sembianze di giovane donna dai capelli biondi che impugna una misteriosa spada invisibile. Il ragazzo, venuto a conoscenza della realtà a proposito della Guerra del Santo Graal, deciderà di prendervi parte non per ottenere il premio finale, ma per proteggere coloro a cui vuole bene ed evitare che altri subiscano le stesse sofferenze patite da lui 10 anni prima quando, a causa della quarta Guerra, la città di Fuyuki venne devastata…