Thomas, alla fine del film precedente, si è dato una missione: salvare i suoi amici e compagni catturati dalla WCKD (detta Wicked come Malvagia) di Ava Paige e portati all'Ultima Città. Tra loro Theresa, che li ha traditi tutti perché, dopo aver recuperato le memorie precedenti alla Radura, si è convinta che Wicked operi in realtà a fin di bene e che trovare una cura per l'umanità affetta dal virus Flare valga ogni sacrificio.