La trama ripercorre gli eventi dal nono al quattordicesimo giorno dei sedici che compongono la quinta Guerra del Santo Graal. Si concentra sul rapporto tra il protagonista, Shirō Emiya, e Sakura Matō, mentre intorno a loro la guerra continua a imperversare, tra violenti e spettacolari scontri, elaborati sotterfugi e clamorosi colpi di scena, che porteranno alla luce le oscure verità dietro il conflitto e i suoi partecipanti.